لاحقاً لإتفاقية التعاون المشترك التي تم توقيعها مع اكاديمية السودان للعلوم المصرفية والمالية خلال هذا العام ، فقد استكمل المعهد تنفيذ برنامج "تدريب وتأهيل أخصائيو التمويل الأصغر" بالتعاون مع الأكاديمية ، حيث نفذ المعهد في مقر الأكاديميـة بمدينـة الخرطـوم المستـوى المتقدم من الجزء الأول للبرنامج خلال الفترة 3/10-11/10/2009 بمشاركة (15) متدرباً من عدد من البنوك ومؤسسات التمويل الاصغر والجامعات والمعاهد التدريبية العاملة في السودان من الذين كانوا قد اجتازوا بنجاح المستوى الاساسي من البرنامج  ، وبعد ذلك تمت استضافة المشاركين في مقر المعهد بمدينــــة عمـــــان لتنفيذ الجــزء الثانـي مــــــن البرنامـــــج بعنــــــوان" تدريـــــب المدربــــــين (TOT) " خلال الفتـرة 8/11-12/11/2009 ، وهدف المستوى المتقدم من الجــزء الأول من البرنامج الى إطلاع الموظفين العاملين ضمن هذا المجال على أفضل الممارسات العالمية المتعلقة بكيفية إجراء الدراسات الائتمانية اللازمة لمنح القروض للمشاريع الصغيرة والمتناهية الصغر وضمان حسن متابعتها وتحصيلها وادارة مخاطرها ، هذا فضلاً عن التركيز على النواحي الإدارية والمالية التي من شأنها ضمان استدامة وأربحية مثل هذه المؤسسات وتعزيز قدراتها التنافسية مع بعضها البعض ومع غيرها من البنوك والمؤسسات الاقراضية العاملة في الاقتصاد .

 كما هدف الجزء الثاني من البرنامج إلى تأهيل المشاركين وتدريبهم لتولي مهام التدريب المستقبلي لمن تبقّى من موظفي مؤسسات هذا القطاع وذلك لضمان بداية علمية سليمة وقوية لهذه المؤسسات في الاقتصاد السوداني من خلال تزويد المشاركين بوسائل وأدوات التنمية وبناء القدرات والتدريب الحديثة ذات العلاقة بتصميم برامج التمويل الأصغر ، حيث قام كل مشارك بتقديم عرض فردي في موضوعين احدهما اختياري والآخر إجباري وتم تقييم أدائهم كمدربين من قبل لجنة متخصصة من المدربين الأردنيين المؤهلين (Master Trainers) وفقا لعدد من المعايير أهمها: مدى قدرة المدرب على عرض المادة العلمية واستيعابه لها ، كفاءة إدارته للوقت خلال الفترة الممنوحة له ، مدى سيطرته على الجلسة التدريبية وإدارته للنقاش وكذلك مدى استخدامه للأساليب والتقنيات التدريبية المختلفة ، وأخيرا مهاراته الشخصية كمدرب.

وفي الختام قام الدكتور مروان الزعبي / مدير عام المعهد بإلقاء كلمة ثَمّن فيها التعاون القائم ما بين المعهد والأكاديمية والجهود التي بُذلت من كلا الطرفين لإنجاح البرنامج وتحقيقه للنتائج المرجوة منه مشيراً الى ان المشاريع الصغيرة تشكل في الدول النامية محوراً رئيسياً في النشاط الإقتصادي ، وتساهم الى حد كبير في الناتج المحلي الإجمالي ، كما انها توفر عدداً من فرص العمل في المناطق البعيدة والفقيرة ، ثم قام الدكتور الزعبي بتوزيع الشهادات على المدربين الجدد بعد اجتيازهم البرنامج بنجاح وحصولهم على لقب مدرب معتمد من المعهد والاكاديمية.